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逻辑复制的行为类似于普通的 DML 操作，即使数据在订阅端本地已被更改，仍会更新数据。如果传入的数据违反了任何约束，复制将停止。这称为冲突。当复制 UPDATE 或 DELETE 操作时，缺失的数据不会产生冲突，这类操作只会被简单跳过。
冲突将产生一个错误并停止复制；它必须由用户手动解决。冲突的详细信息可在订阅端的服务器日志中找到。
解决冲突可以通过更改订阅端的数据使其不与传入的更改冲突，或者跳过与现有数据冲突的事务来完成。可以通过调用 pg_replication_origin_advance() 函数来跳过事务，传入与订阅名称对应的 node_name 和一个位置。复制源的当前位置可在 pg_replication_origin_status 系统视图中查看。
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